KurocoEdgeは1つのアカウントで複数のサイトを操作できますか？

できません。1つのKurocoEdgeアカウントに紐づけできるサイトは1ドメインのみになります。
複数のドメインにKurocoEdgeを適用したい場合は、適用したいサイト毎にアカウントを作成ください。